Công khai dữ liệu nguồn gốc COVID từ chợ Vũ Hán: Các nhà khoa học nghĩ gì?

Phân tích các mẫu gạc của Trung Quốc được bình duyệt đầu tiên xác nhận DNA động vật dương tính với SARS-CoV-2.

Các nhà nghiên cứu từ Trung tâm Kiểm soát bệnh dịch Trung Quốc (CDC Trung Quốc) đã xuất bản một phân tích các mẫu được thu thập trong chợ bán đồ tươi sống ở Vũ Hán, Trung Quốc trong những tuần đầu tiên của đại dịch COVID-19 – cũng như dữ liệu cơ bản, vốn được cộng đồng nghiên cứu quốc tế chờ đợi và kêu gọi kể từ khi bắt đầu đại dịch.

Phân tích này, được xuất bản trên Nature vào tháng 5/4 1, xác nhận các mẫu gạc từ chợ Hoa Nam –vốn có liên quan dến điểm khởi phát của đại dịch – chứa vật liệu di truyền từ động vật hoang dại và cho kết quả xét nghiệm dương tích với SARS-CoV-2. Điều này cho thấy rất có thể là một con vật nào đó đã trở thành vật chủ trung gian của virus đã nhảy sang người và lây nhiễm cho người. Nhưng các nhà nghiên cứu cho biết phát hiện mới nhất vẫn còn chưa cung cấp đủ bằng chứng xác thực là SARS-CoV-2 có nguồn gốc từ một sự kiện từ động vật sang người (Các tác giả nghiên cứu, do cựu giám đốc CDC Trung Quốc George Gao, không phản hồi với đề nghị bình luận của Nature).

Tuy nhiên các nhà nghiên cứu cho biết việc xuất bản dữ liệu hệ gene, vốn đã được đưa lên các trang tư liệu mở, là điều tối cần thiết – bởi vì nó sẽ cho phép phân tích xa hơn để có thể cung cấp manh mối về nguồn gốc đại dịch. “Đó là một trong những bộ dữ liệu quan trọng bạc nhất mà chúng ta có kể từ khi xuất hiện đại dịch”, Florence Débarre, một nhà sinh học tiến hóa tại CNRS ở Paris, người tham gia vào nhóm nghiên cứu là nguyên nhân gây tranh cãi do xuất bản phân tích riêng dựa trên dữ liệu của CDC Trung Quốc vào tháng qua 2.

Nhà vi trùng học tiến hóa Jesse Bloom, Trung tâm nghiên cứu ung thư Fred Hutchinson ở Seattle, Washington, cho rằng dẫu các mẫu gạc được thu thập vào tháng 1/2020, cũng đem lại những thông tin hữu ích về những loài động vật nào được bán ở chợ, ngay cả những mẫu sớm hơn cũng cần thiết để tìm ra nguồn gốc đại dịch. “Nếu chúng ta hiểu được đích xác nguồn gốc của SARS-CoV-2, tôi ngờ là nó sẽ đến từ thông tin mới về các trường hợp mắc hoặc các sự kiện mắc vào sớm, tháng 12 hoặc tháng 11/2019, hoặc có thể sớm hơn”, Bloom nói.

Bài báo này là bài báo mới nhất trong loạt bài phân tích về các mẫu ở chợ Vũ Hán được xuất bản, và là bài đầu tiên được bình duyệt. Phát hiện này tương tự với một phân tích khác ở dạng tiền ấn phẩm khi cho là các mẫu gạc chứa dữ liệu di truyền từ động vật hoang dã và SARS-CoV-2. Nhưng các mẫu môi trường lại không xác nhận bất kỳ con vật nào bị lây nhiễm loài virus này.

Nhóm nghiên cứu Trung Quốc thực hiện phân tích mới xuất bản cũng đã có thêm một phiên bản khác ở dạng tiền ấn phẩm của nghiên cứu vào tháng 2/2022 cũng không đưa phân tích vật liệu di truyền của động vật trong các mẫu gạc, và không công khai dữ liệu trình tự cơ bản của nó. Nhóm nghiên cứu, trong đó có Débarre, phát hiện ra dữ liệu mẫu của CDC Trung Quốc trên cơ sở dữ liệu hệ gene online GISAID và xuất bản phân tích riêng trên kho lưu trữ nghiên cứu Zenodo3. Báo cáo ngày nhận diện vật liệu di truyền của động vật hoang dã trong mẫu gạc đã dương tính với SARS-CoV-2 và chỉ ra các loại động vật, trong đó có lửng chó là loài đáng quan tâm.

Nghiên cứu gây tranh cãi

Báo cáo mới nhất thêm phần sức nặng cho một trong hai giả thuyết cạnh tranh nhau về nguồn gốc đại dịch COVID-19. Cuộc tranh cãi đã sôi sục về việc liệu đại dịch xuất phát từ tự nhiên, với một virus nhảy từ động vật sang người hay, nảy sinh từ một rò rỉ phòng thí nghiệm ở Viện Vi trùng Vũ Hán?

Chợ Hoa Nam đã là trung tâm của giả thuyết tự nhiên bởi rất nhiều trường hợp sớm mắc COVID-19 đều liên quan đến khu chợ này, nơi bán động vật được biết là vật chủ của nhiều loại virus hô hấp như các sarbecoviruse, bao gồm cả SARS-CoV-2. Dẫu vậy thì giả thuyết rò rỉ phòng thí nghiệm lại được tiếp thêm động lực vào năm 2021 và chưa bị bác bỏ một cách dứt khoát.

Trong bài báo của CDC Trung Quốc, giống như báo cáo trên Zenodo, có các chi tiết về các trình tự hệ gene động vật có vú có trong mẫu động vật. Các tác giả phân tích 60 mẫu dương tính với SARS-CoV-2 – nhiều hơn báo cáo của Zenodo 11 trình tự – và 112 mẫu âm tính.

Phát hiện này củng cố cho giả thuyết nguồn gốc tự nhiên, một nhà nghiên cứu không tham gia vào cả hai nghiên cứu và muốn ẩn danh để khỏi dính vào cuộc tranh cãi xung quanh nguồn gốc COVID. Sự hiện diện của nhiều loài động vật hoang dã cho thấy sự nhảy loài virus dẫn đến đại dịch COVID-19 có thể xảy ra, nhà khoa học này nói. Một số loài trong số đó, ví dụ như lửng chó, có tiềm năng lan truyền lây nhiễm SARS-CoV-2. “Sự mở rộng của bằng chứng gián tiếp [trong bài báo] lớn hơn giả thuyết rò rỉ từ phòng thí nghiệm”.

Nghiên cứu này cũng đề xuất những manh mối về vai trò của khu chợ trong vấn đề nguồn gốc đại dịch. Trong những tuần sớm của cơn bùng phát, hai dòng SARS-CoV-2 – A và B- đều đang lưu hành. Ban đầu, các xét nghiệm nhận diện chỉ dòng B trong chợ. Điều này khiến một số nhà nghiên cứu kết luận là khu chợ này có thể đóng vai trò như một địa điểm cho một sự kiện “siêu lây nhiễm” sớm hơn là một địa điểm xảy ra hiện tượng nhảy loài từ động vật, bởi vì dòng A được cho là tổ tiên của virus.

Nhưng bản tiền ấn phẩm của CDC Trung Quốc năm ngoái nhận diện được chủng A trong một mẫu. “Đó là kết quả làm tôi đổi hướng và khiến tôi nghĩ là ‘được thôi, nó dường như là đến từ chợ’,” Débarre nói. Nhưng bà cho là một số nghi ngờ là kết quả này có thực? Phân tích mới xác nhận sự hiện diện của dòng A, giải quyết được mọi nghi ngờ, bà nói.

David Relman, một nhà vi trùng học tại ĐH Stanford ở California, đồng ý với đánh giá của các tác giả trong nghiên cứu là khu chợ có thể đóng vai trò như một vật khuếch đại của lan truyền SARS-CoV-2. “Có thể là con người mang virus vào chợ và động vật có thể”.

Những phát hiện giả mạo

Alice Hughes, một nhà sinh học bảo tồn tại ĐH Hong Kong lo ngại về chất lượng của phân tích. Thêm vào các mảnh hệ gene từ động vật, bao gồm lửng chó, Hughes cho là bài báo đã nhận diện vật liệu di truyền từ động vật như gấu trúc, chuột dũi, tinh tinh. Trong khi đó việc giết gấu trúc sẽ bị khép vào tội tử hình ở Trung Quốc, “không có thể có cách nào để truy dấu nó ở chợ”, cô nói.

Những kết quả kỳ lạ có thể từ ô nhiễm phòng thí nghiệm, hoặc xử lý không phù hợp của dữ liệu đã sai trong việc loại bỏ những nhận diện các loài giả mạo, Hughes nói. “Chúng ta phải cẩn thận với việc diễn dịch hoặc đặt quá nhiều niềm tin vào bài báo”.

Débarre cũng nêu câu hỏi về những khía cạnh khác của kết quả. CDC Trung Quốc sử dụng hai phương pháp phân tích hệ gene, một là tìm kiếm qua các gene và hệ gene có sẵn, và một là các điểm không trong các trình gene cụ thể trong hệ gene ty thể. Phương pháp toàn bộ hệ gene dò thấy chỉ ở trong một vài trình tự của lửng chó trong một mẫu chứa đầy nucleic acids lửng chó, theo phân tích của Zenodo và phân tích hệ gene ty thể của CDC Trung Quốc, Débarre nói.

Dữ liệu không chỉ ra rõ ràng một loài động vật cụ thể nào như vật chủ trung gian truyền virus lên người. Nhưng nhà nghiên cứu ẩn danh cho biết là các kết quả này đã nhấn mạnh thêm vào một số loài, bao gồm lửng chó, có thể cần được nghiên cứu về cách chúng lan truyền SARS-CoV-2.

Débarrec cho biết, những phân tích pháp y tiết lộ liệu động vật có DNA thu được trong các mẫu gạc mang các tín hiệu của sự hoạt hóa hệ miễn dịch, chỉ dấu có sự lây nhiễm. Điều đó có thể giúp giải quyết những lo ngại về sự hiện diện của virus và DNA động vật trong cùng một mẫu không nhất thiết chỉ dấu con vật đó bị nhiễm bệnh.

Relman không nghĩ là những phân tích xa hơn của cùng bộ dữ liệu có thể dẫn đến những câu trả lời ý nghĩa về nguồn gốc virus. “Những gì chúng ta thực sự cần là một dạng khác của dữ liệu. Dữ liệu có thể xác nhận tốt về những sự kiện lâm sàng sớm ở Vũ Hán”.

Nguồn: doi: https://doi.org/10.1038/d41586-023-00998-y

——————————————-

1. https://www.nature.com/articles/s41586-023-06043-2

2. https://tiasang.com.vn/khoa-hoc-cong-nghe/nghien-cuu-ve-nguon-goc-covid-dan-den-lung-cho-o-cho-vu-han-cac-nha-khoa-hoc-nghi-gi/